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关联 Issue / Linked issue

• Refs refactor(core): 拆出领域、LSP 和插件 crate，lithe-core 只留分发器与 FFI Lithe-IDEA/Lithe-core-rust#28（Core Draft，HEAD d235401：从 lithe-core 再拆出 34 个 crate，workspace 共 46 个；本 PR 跟进它的路径和契约变化）
• Refs fix(lsp): allow cold managed runtimes to finish initialization Lithe-IDEA/Lithe-core-rust#29（Core 已合入 c0201c1，preview 已固定到它；[Windows][Epic] W1-W3 核心工作流补全 #28 已合入它）
• 没有单独的 Issue。用户要求整理 Core 目录，并说明“尽可能一次处理完成，不要开那么多 issue”，所以 Core 拆分后的所有跟进改动都放在本 PR。

PR 类型 / Type

• feat：新功能或用户可见的改进
• fix：缺陷修复
• docs：文档、Agent Note、Skill 等规则文件
• release：稳定版发布准备

改动说明 / What changes

背景 / Why

Core #28 把 lithe-core 里的领域代码拆成 34 个独立 crate（git、lsp-engine、lsp-client、debug、build、plugin-manifest、plugin-rpc、diagnostics、workspace 等），12 个大文件也拆成了主题子模块。命令名、JSON、错误码和 C 头文件都没有变。唯一的契约变化是：构建系统 model、test.results、dependencies 里写 source: "hostIntegration" 时，现在按未知来源以 plugin.manifest.invalid 拒绝。这一条已记入 Core 的 protocol-changelog。

本仓库的 AGENTS.md、Skill、Agent Note、文档、资源清单和功能矩阵里有约 300 处 Core 路径，在 #28 之后都指向不存在的文件。桌面端 builds.go 里还有一段判断 hostIntegration 来源的死代码。本 PR 把 pin 升到 #28 的 HEAD，并一次改完这些引用。

无用户可观察缺陷。改动动机是让文档、证据路径和代码与 Core 的新目录一致。

改动 / Changes

Core 固定修订

• scripts/desktop/build-desktop-core.sh：PINNED_CORE_REVISION 从 c0201c1（[Windows][W1] 文档安全与多文件编辑状态 #29）升到 d235401fa2d6a492f27beb45e0679be846d1b0a5，即 [Windows][Epic] W1-W3 核心工作流补全 #28 当前的 HEAD。注释补上 [Windows][Epic] W1-W3 核心工作流补全 #28 和 [Windows][W1] 文档安全与多文件编辑状态 #29 的内容。
• [Windows][Epic] W1-W3 核心工作流补全 #28 合入后，必须把 pin 改成 [Windows][Epic] W1-W3 核心工作流补全 #28 在 main 上的合并 commit 再合本 PR。 现在 [Windows][Epic] W1-W3 核心工作流补全 #28 还是 Draft，pin 指向 PR 分支的提交。

桌面端删除 hostIntegration 死代码

• desktop/internal/pluginservice/builds.go：删除 deps.Source != "hostIntegration" 判断和原始结构体里只为它读取的 Source 字段。Core 现在会拒绝这种清单，宿主收不到这种声明。
• desktop/internal/pluginservice/builds_test.go：删除 hosted 用例和对应断言。

Core 路径（rust/crates/core/src/... → 拆出的 crate）

• 用脚本按 Core 的改名记录、git ls-files 和标识符定义批量改写 302 处，涉及 125 个文件。改写后的每个目标路径都在 d235401 中存在（rust/target/ 除外，它是构建输出目录）。
• 一个旧文件被拆成多个模块时，按引用处说的内容选模块，例如：
  • lsp/interface/engine.rs 按功能分到 lsp-engine/src/{requests,server_messages,lifecycle,function_calls}.rs；
  • plugins/declarative.rs 分到 plugin-manifest/src/{validation,settings,settings_surfaces,run_plans}.rs；
  • git/mod.rs 分到 git/src/{branches,diff,untracked_directories,line_history,workspace_status,repository,write,commits}.rs；
  • project/files.rs 分到 project/src/files/{search,replace}.rs 和 core-rules/src/visibility.rs。
• 涉及的文件：
  • AGENTS.md：能力版本改为 rust/crates/plugin-model/src/capabilities.rs，插件函数协议改为 rust/crates/plugin-rpc/src/。
  • .gitattributes、scripts/resources/worktree-resources.json 及其测试：catalog_generated.rs 改为 rust/crates/diagnostics/src/catalog_generated.rs。
  • docs/development/macos-plugin-api-plan.md：S1–S3 的 Core 链接改到 plugin-model、plugin-manifest、plugin-backend、plugin-rpc、plugin-native-ui。
  • .agents/skills/develop-lithe/SKILL.md、references/logging.md。
  • .agents/notes/implemented/**（33 篇）、.agents/notes/proposed/**（7 篇）。
  • shared/platform-feature-matrix/features/*.json（81 个文件）：证据路径和说明。git-large-untracked-directories.json 的旧 macOS、Windows 证据里，改写后有一条重复的 untracked_directories.rs，已去重。
• 下面这些不改：
  • 固定修订链接（blob/<sha>/…）和它的标签。
  • “已迁出：原 …”行、archived 笔记、“已随 #… 移除”这类历史说明。
  • 已经写了去向的笔记正文，例如 Java、Maven 专属代码已迁出的笔记。

已删除代码的说明

• Java/Maven 专属文件（jdt_build.rs、maven.rs、jdt.rs、jdt_maven_settings.rs、java.rs、java_syntax.rs）已由 Core fix：修复左侧Git提交文件无法全选问题 #23 移入插件。引用它们的 5 篇笔记补了“已迁出”行，指向 lithe-plugin-java 或 lithe-plugin-maven，当前的通用部分改指 lsp-engine、execution。
• develop-lithe Skill 中 -configuration 的示例改指 Java 插件的 crates/java-domain/src/lsp/languages/jdt_configuration.rs。
• 结构化日志笔记和 logging.md：
  • 辅助 crate 的 failure sink 改为由 Core 的 runtime::helper_failures::install() 注入，共三个（git-host、ide-host、remote）；
  • 删除已不存在的 agent-host 和“Agent 打开的 FFI”；
  • 事件模块改为 lithe_diagnostics::core_events。
• 构建系统契约笔记和 Java 语言服务器笔记开头各加一行“2026-11-14 更新”：hostIntegration 现在只是保留字段，写任何值都会被拒绝；Maven、Java 已改由插件提供。
• docs/ci-builds.md：
  • 删除 git_path_roundtrip.rs 测试的说明，这个测试已在 Core 中删除；
  • 删除 MCP 官方 Registry 和精选图标两段。Core 已没有 MCP Registry 和 featured.json（[Bug] 左侧Git提交文件无法全选 #19）。
• scripts/resources/：删除 mcp-registry-metadata 条目、对应注释和测试。
• 语言工具笔记里 language-providers.json 和 catalog.rs 的“已随 [Feature] Windows/macOS 统一 Viva 工作台与原生编辑器，保留 Rust Core 和插件体系（分阶段重构） #1794 移除”改为“已随 Core fix：修复左侧Git提交文件无法全选问题 #23 移除”：这两个 Core 文件是在 Core fix：修复左侧Git提交文件无法全选问题 #23（78c065d）删除的。
• 笔记 bug-fix/2026-10-19-windows-claude-npm-shim-launch.md 移入 archived/，并写明归档原因：Core feat: add editor tab layout modes and reordering #18 删除了 rust/lithe-agent-host，Viva 桌面端也不做 Agent 对话。没有其他文件引用它。

不在本 PR 范围内 / Out of scope

• 旧客户端（macos/、windows/tauri/）的遗留内容按之前的约定等用户决定，本 PR 没有改：
  • 功能矩阵 legacy 证据里已删除的 Core 文件，包括 git-status-commit.json 的 git_path_roundtrip.rs 和 windows-startup-feedback.json 的 rust/lithe-agent-host/*。
  • docs/ci-builds.md 里 MCP 编辑器原生验收截图一段（agent-ui-test-evidence），以及测试稳定性脚本、windows-and-rust.md 里的 agent-host 引用。
• 历史笔记正文里的 Rust 模块路径（如 crate::execution::scan、plugins::declarative、lsp::interface::engine::real_jdt_tests::）是当时的记录，没有改。
• 仍开着的设计单只有 [Feature] Core 剩余的语言专属默认值（忽略目录、索引排除、go/node 运行时、运行发现、行注释表）改由插件注入 #1856（5 类语言默认值改插件注入），不在本 PR。

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类型专属：fix

复现与根因

• 复现步骤、实际结果、期望结果：在 Core d235401 的检出里查本仓库文档、笔记和功能矩阵引用的 rust/crates/core/src/... 路径，约 300 处不存在；期望每个非历史引用都指向现存文件。桌面端 builds.go 仍按 source: "hostIntegration" 跳过依赖声明，而 Core 已不接受这种声明。
• 根因：Core [Windows][Epic] W1-W3 核心工作流补全 #28 拆分 crate、Core fix：修复左侧Git提交文件无法全选问题 #23 删除 Java/Maven 集成后，本仓库的引用和宿主代码没有跟进。
• 影响平台：文档和证据路径与平台无关；builds.go 是 macOS 和 Windows 共用的桌面端代码。

检查项

• [N/A] 已先写回归测试，确认它在修复前失败、修复后通过；测试路径与修复前的失败输出：只删死代码和改文档路径，没有新行为可测；builds_test.go 删掉的是死代码的用例。
• 无法自动化时，已写明手动复现与验证步骤：路径用脚本对 Core git ls-files 逐条核对，见“验证”。
• 已搜索被修改函数、类型、契约字段的全部调用方（含另一平台、插件、SDK、脚本和按字符串分发的调用）：git grep hostIntegration -- 'desktop/**/*.go' 只剩这两处，已删除。
• 已检查另一平台是否有同类缺陷（有则本 PR 一并修复，或已提交 Issue）：桌面端 macOS 和 Windows 共用同一份代码。
• 只改了修复所需的代码，没有夹带重构；修复过程中发现的其他问题已提交 Issue：没有发现新问题。
• [N/A] 修复改变了行为约束或容易复发，已在 .agents/notes/implemented/bug-fix/ 记录：没有改变行为约束；hostIntegration 的契约变化已在原笔记开头注明。

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范围检查 / Scope checks

功能矩阵 / Feature matrix

• 已更新 shared/platform-feature-matrix/features/<id>.json：只改证据路径和说明里的 Core 路径，实现状态和验证状态都不变。
• 已运行 ./scripts/platform-feature-matrix/verify-platform-feature-matrix.sh；改了平台实现路径的，还运行了 ./scripts/platform-feature-matrix/verify-platform-feature-matrix-change.sh origin/preview HEAD
• 没有提交 .artifacts/ 下生成的矩阵视图
• [N/A] 没有更新矩阵的，理由：已更新。

统一日志系统 / Structured logging

N/A：没有新增或改动日志事件。只修正了日志文档里的 Core 路径和 sink 注入位置。

界面文案 / i18n

N/A：没有新增用户可见文案。两个 i18n 检查仍然运行，见“验证”。

逻辑归属 / Logic placement

• 可共享的逻辑在 Rust Core：本 PR 没有新增逻辑，只删除桌面端一段已无用的判断。
• [N/A] 修改平台层已有的可共享逻辑时已迁入 Core；本次确有理由不迁的，理由与 refactor Issue：没有修改可共享逻辑。
• 工具或运行时专属的知识放在插件或成熟上游，宿主和 Core 没有按工具名加分支：删掉的正是宿主对 hostIntegration 来源的特判。

性能与内存 / Performance and memory

N/A：没有新增后台功能、子进程、缓存或依赖，也没有改动启动、输入、滚动、搜索路径。

设置 / Settings

N/A：没有改设置。

插件契约 / Plugin contract

• 契约改动已在 Rust Core PR 里随执行它的代码一起提交，同一个 Core PR 已登记插件协议更新记录（合入日期、PR、修改人、协议或 API）；链接：Core #28 的 shared/plugins/reference/protocol-changelog.md 新增 2026-11-14 一行。
• scripts/desktop/build-desktop-core.sh 的 PINNED_CORE_REVISION 已升到包含该契约的 Core commit，桌面端测试经 scripts/desktop/desktop-go.sh 读到的就是这份契约。[Windows][Epic] W1-W3 核心工作流补全 #28 合入后要改成合并 commit。
• 修改插件后端协议的，已在 Core 仓库运行 node shared/plugins/scripts/sdk-e2e.mjs，三个 SDK 示例后端仍能跑通：在 [Windows][Epic] W1-W3 核心工作流补全 #28 的检出上运行，通过。
• [N/A] 新增或修改宿主方法、宿主通知的，已在下表逐个列出：没有新增或修改宿主方法。

发行包与资源 / Bundle and resources

• 运行时不向已安装的 app bundle 或 Windows 安装目录写入；已运行 ./scripts/desktop/verify/verify-runtime-bundle-immutability.sh
• 新增或修改下载、解压、生成或缓存资源的，已同步 scripts/resources/worktree-resources.json、scripts/resources/reuse-worktree-resources.mjs 的校验路由、对应测试和 docs/ci-builds.md“独立工作树的本地编译”一节：删除了已不存在的 mcp-registry-metadata，改了 catalog_generated.rs 的路径，测试同步更新。

无用代码与重构 / Dead code and refactoring

• 本次改动导致变成无用的代码已在本 PR 删除：builds.go 的 Source 字段和判断。
• 本次之前就存在的无用代码或可重构之处：按用户“一次处理完、少开 Issue”的要求，顺手能改的过时内容（MCP Registry 资源条目、git_path_roundtrip 说明、npm shim 笔记）都在本 PR 处理，没有另建 Issue。

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验证 / Verification

命令或操作	平台	结果
脚本对照 Core d235401 的 git ls-files，核对本仓库所有非固定修订链接的 rust/crates/... 路径	macOS	改写后的路径全部存在；剩下的不存在路径只有历史记录（已迁出行、archived 笔记、已注明移除的行）和旧客户端 legacy 证据
./scripts/agent-notes/verify-agent-notes.sh	macOS	通过，221 篇
./scripts/platform-feature-matrix/verify-platform-feature-matrix.sh	macOS	通过，221 项
./scripts/platform-feature-matrix/verify-platform-feature-matrix-change.sh origin/preview HEAD	macOS	通过（capability records changed, relevance requires review）
node scripts/resources/test-reuse-worktree-resources.mjs	macOS	35/35 通过
node scripts/i18n/verify-app-language-localization.mjs	macOS	通过
node scripts/i18n/generate-i18n.mjs --check	macOS	通过
./scripts/desktop/verify/verify-runtime-bundle-immutability.sh	macOS	通过
scripts/desktop/desktop-go.sh test ./...（固定到 d235401）	macOS	53 个包全部通过，3 分 28 秒
Core #28：fmt、clippy（本机和 Windows 目标）、1936 个测试、注释门禁、verify-docs.mjs、sdk-e2e.mjs	macOS	全部通过

未能执行的检查和原因： Windows 上的桌面端测试没有在本机运行，交给 ready 后的 CI。

提交前确认 / Final checks

• 分支从最新的 preview 创建；目标分支：preview
• 以 Draft 提交，本地验证通过后才标记 ready
• 没有无关改动，没有提交 .build/、target/、dist/、.artifacts/ 等产物，没有凭据、个人路径和未脱敏的日志或截图
• 本次构建、测试或预览启动的 Lithe 应用和子进程已全部关闭，没有进程残留